وتحتضن المكتبة أربعاً وعشرين مجموعة موقوفة تمثل: مكتبة المصحف الشريف، ومكتبة الشيخ/ عارف حكمت، ومكتبة المحمودية، ومكتبة المدينة المنورة، ومكتبات مدارس: الإحسانية، والساقزلي، والشفاء، والعرفانية، والقازانية، وكيلى ناظري، إضافة إلى مكتبات رباط الجبرت، ورباط عثمان بن عفان رضي الله عنه، ورباط قرة باش، ورباط بشير آغا، ومكتبات لبعض الشخصيات، أمثال: الشيخ/ محمد إبراهيم الختني، والشيخ/ عبد القادر شلبي، والسادة آل الصافي، والشيخ/ عمر حمدان، والشيخ/ محمد نور كتبي، ومعالي الأستاذ/ حسن بن محمد كتبي، والشيخ/ محمد الخضر الشنقيطي، والشيخ/ عبد الرحمن الخيال، والشيخ/ عبد القادر الجزائري، والشيخ/ عمار بن عبد الله الأزعر الهلالي (١).
وتضم المكتبة ما يربو على أربعة عشر ألف مخطوط أصلي، بالإضافة إلى عدد كبير من المصورات الورقية، والميكروفيلمية، وتوليها عناية خاصة من حيث الاقتناء والتنظيم والترميم والتجليد. وقد تكونت هذه المخطوطات من مصادر الوقف والإهداء والتبادل، وأغلبها من المكتبات الموقوفة (٢).
كما تحوي المكتبة ضمن مجموعاتها الخاصة عدداً كبيراً من الكتب النادرة خصص لها قاعة مستقلة يبلغ مجموعها (٢٥٠٠٠) خمسة وعشرين ألف كتاب، تمثل جزءاً كبيراً من رصيد المكتبات الموقوفة.
أما المطبوعات الحديثة فتبلغ (٤٠٠٠٠) أربعين ألف كتاب، خصص لها قاعة مفتوحة وتم تنظيمها وترتيبها وفهرستها وتصنيفها، وقد شملت مجموعتها معظم جوانب المعرفة الإنسانية.
(٢) السابق، ص ٤٥ – ٤٧.