وفق المنهج التالي:
١ - انتخبت من الآيات «المشكل» منها، وهو الذي قد تغمض معرفة إعرابه وإدراك توجيهه، أو يخالف في الظاهر قواعد النحاة، ولكنه لدى التأمل والتحقيق يظهر لنا موافقتها. قال الجوهري في صحاحه: "أشكل الأمر: أي التبس"، وجاء في "الوسيط": "الإشكال: الأمر يوجب التباسا في الفهم".
٢ - حرصت على مطالعة مصنفات القوم في هذا الحقل؛ لكيلا أخرج عن اجتهادات علماء، كان لهم قَدَمُ صدق وجهد وفقه في فهم معاني القرآن العزيز.
٣ - عُني هذا "المجتبى" بالمفردات، والجمل التي لها محل، والتي ليس لها محل، وأشباه الجمل من الظرف والجار والمجرور، وإن كان المقام لا يتسع للمرور بها جميعا، وتركت ذلك لكتابي الآخر "المفصَّل".
٤ - يسير وفق ترتيب السور والآيات في المصحف الكريم، ويحافظ على رقمها، وفق مصحف المدينة النبوية"؛ وذلك لتيسير العودة إلى المُشْكل المنشود من الآية.
٥ - ينتخب العبارة السهلة المأنوسة التي تتضح لجلِّ طلبة العلم، ومن هنا بذلتُ الجهد في توضيح عبارات المعربين التي قد تحتاج في عصرنا إلى تذليل غامضها، والكشف عن مقصودها.
٦ - اخترت وجهًا واحدًا في إعراب مفردات الآية أو جملها أو أشباه جملها، بَيْدَ أن هذا الوجه مما نصَّ عليه أحد علماء العربية بالتصريح أو