وبعد هذا التقسيم، يجعل في كل قسم مجموعات، كل مجموعة تشكل وحدة في قسمها، أي إنّ كل مجموعة تضم عدة سور، هذه السور يجمع بينها شيء وأحد، فقد تتشابه في مواضيعها، أو في فواتحها، أو في أمر آخر.
إذن هناك أربعة أقسام، كل قسم يضم مجموعات، وكل مجموعة تضم سورًا، وهو يقدّم لكل قسم من الأقسام بمقدمة، يجمعها تحت عنوان: "كلمة في قسم كذا"، يتحدث في هذه المقدمة عن القسم بشكل عام، وعن مجموعاته وما بينها من معان مشتركة.
كما يبدأ كل مجموعة بكلمة، تحت عنوان: "كلمة في المجموعة - كذا - من قسم - كذا -"، ويعطي فيها فكرة عن المعاني التي جمعت السور في هذه المجموعة، وعن وجه الربط بينها وبين سورة البقرة، كما سيأتي.
ثم يبدأ بتفسير السور، سورة سورة، ويفتتح كل سورة بمقدمة يجعلها بعنوان: "بين يدي السورة"، ويذكر فيها مكية السورة أو مدنيتها، ويتحدث عن علاقة السورة بسورة البقرة، وأحيانًا يذكر فضلها مستشهدًا على ذلك بالأحاديث.
ويتبع هذه المقدمة بـ "كلمة في السورة ومحورها"، ويعرف فيها موضوع السورة بشكل عام، ومحورها الرئيس، وما تناولته من موضوعات، ويتحدث هنا كذلك عن علاقة السورة بسورة البقرة.
وأحيانًا يثير في هذه (الكلمة) تساؤلات عن سرّ التشابه بين السورة التي يتناولها وسورة أخرى مشابهة لها، ثم يجيب عن هذه التساؤلات.
وكما أنه يقسم القرآن أقسامًا، والأقسام مجموعات، والمجموعات سورًا، فهو كذلك يقسم السورة أقسامًا فمقاطع ففقرات، فمجموعات.
وكل كلمة من هذه الكلمات الأربع (القسم، المقطع، الفقرة، المجموعة)، أوسع من التي تليها، فالقسم يشتمل على مقاطع، والمقطع يشتمل على فقرات، والفقرة على مجموعات.