وكان أول التفرق والاختلاف ما وقع بين طوائف اليهود قبل بعثة عيسى - عليه السلام - فقد انقسموا شعبا وأحزابا. مع أن رسولهم هو موسى - عليه السلام - وكتابهم هو التوراة. فكانوا طوائف خمسة رئيسية هي طوائف الصدوقيين، والفريسيين، والآسيين، والغلاة، والسامريين.. ولكل طائفة سمة واتجاه. ثم كان التفرق بين اليهود والنصارى، مع أن المسيح - عليه السلام - هو أحد أنبياء بني إسرائيل وآخرهم، وقد جاء مصدقا لما بين يديه من التوراة، ومع هذا فقد بلغ الخلاف والشقاق بين اليهود والمسيحيين حد العداء العنيف والحقد الذميم. وحفظ التاريخ من المجازر بين الفريقين ما تقشعر له الأبدان.
«وقد تجدد في أوائل القرن السابع من الحوادث ما بغضهم (أي اليهود) إلى المسيحيين وبغض المسيحيين إليهم، وشوه سمعتهم. ففي السنة الأخيرة من حكم فوكاس (٦١٠ م) أوقع اليهود بالمسيحيين في أنطاكية، فأرسل الأمبراطور قائده «ابنوسوس» ليقضي على ثورتهم، فذهب وأنفذ عمله بقسوة نادرة، فقتل الناس جميعا قتلا بالسيف، وشنقا، وإغراقا، وإحراقا، وتعذيبا، ورميا للوحوش الكاسرة... وكان ذلك بين اليهود والنصارى مرة بعد مرة، قال المقريزي في كتاب الخطط :«وفي أيام (فوقا) ملك الروم، بعث كسرى ملك فارس جيوشه إلى بلاد الشام ومصر فخربوا كنائس القدس، وفلسطين وعامة بلاد الشام، وقتلوا النصارى بأجمعهم، وأتوا إلى مصر في طلبهم، وقتلوا منهم أمة كبيرة، وسبوا منهم سبيا لا يدخل تحت حصر. وساعدهم اليهود في محاربة النصارى وتخريب كنائسهم وأقبلوا نحو الفرس من طبرية، وجبل الجليل، وقرية الناصرة ومدينة صور، وبلاد القدس فنالوا من النصارى كل منال وأعظموا النكاية فيهم، وخربوا لهم كنيستين بالقدس، وأحرقوا أماكنهم، وأخذوا قطعة من عود الصليب، وأسروا بطرك القدس وكثيرا من أصحابه. إلى أن قال - بعد أن ذكر فتح القدس :«فثارت اليهود في أثناء ذلك بمدينة صور، وأرسلوا بقيتهم في بلادهم، وتواعدوا على الإيقاع بالنصارى وقتلهم، فكانت بينهم حرب، اجتمع فيها من اليهود نحو ٢٠ ألفا وهدموا كنائس النصارى خارج صور. فقوّس النصارى عليهم وكاثروهم فانهزم اليهود هزيمة قبيحة، وقتل منهم كثير. وكان هرقل قد ملك الروم بقسطنطينية، وغلب الفرس بحيلة دبرها على كسرى حتى رحل عنه، ثم سار من قسطنطينية ليمهد ممالك الشام ومصر، ويجدد ما خربه الفرس، فخرج إليه اليهود من طبرية وغيرها، وقدموا له الهدايا الجليلة وطلبوا منه أن يؤمنهم منه ويحلف لهم على ذلك، فأمنهم وحلف لهم. ثم دخل القدس، وقد تلقاهم النصارى بالأناجيل والصلبان والبخور والشموع المشعلة، فوجد المدينة وكنائسها خرابا، فساءه ذلك، وتوجع لهم، وأعلمه النصارى بما كان من ثورة اليهود مع الفرس، وإيقاعهم بالنصارى وتخريبهم الكنائس، وأنهم كانوا أشد نكاية لهم من الفرس، وقاموا قياما كبيرا في قتلهم عن آخرهم، وحثوا هر قل على الوقيعة بهم