( ٢ ) وضع خطوط تحت المغايرات أو فوقها، وهذا النوع هو الأكثر – على اختلاف في الطريقة التفصيلية لكل مؤلّف -. وممن استعمل هذه الطريقة – وضع الخطوط- : كل من : الشيخ عبد الحليم الجشتي في " القرآن الكريم مع ذكر المتشابهات " وقد انفرد بثلاثة أشياء : الأول : أنه كان يضع الخطوط فوق المغايرات، والثاني : أنه جعل كلامه على هامش المصحف – على هيئة بعض التفاسير المختصرة -، والثالث : أن المصحف الذي همّش عليه هو المنتشر في بلاد الهند وباكستان. وممن استعمل طريقة الخطوط أيضاً : صفي الدين عبد الحميد رسمي في كتابه " سبيل التثبيت واليقين "، وكذلك أبو ذر القلَموني في " عون الرحمن " مع كثرة الخطوط المتنوّعة عنده مما يوقع القارئ ببعض الارتباك.
( ٣ ) استعمال الجداول العمودية في إبراز المغايرات، وممن اعتمد هذه الطريقة ثلاثة: أولهم : صاحب كتاب" العقد الجميل "، والثاني : صاحب " كنز المتشابهات " الذي كان يجعل مواضع التشابه في أسطر متقابلة، والثالث : هو محمد الصغير في " دليل المتشابهات اللفظية ".
( ٤ ) وضع عناوين لكل مجموعة من الآيات المتشابهة يبرز فيها مواضع التغاير، ولم أرَ من استعمل هذه الطريقة وحدها سوى صاحب كتاب " دليل الحيران ".
بقيت الإشارة إلى بعض المؤلفات التي جمع أصحابها بين أكثر من طريقة من الطرق السابقة، وهي :
" التوضيح والبيان " للبنجابي، وقد جمع بين ( العناوين ) و ( الخطوط ).
" الإيقاظ " لجمال بن عبد الرحمن، وقد جمع بين ( العناوين ) و ( التلوين ).
" دليل الآيات متشابهة الألفاظ " لسراج ملائكة، وقد جمع كذلك بين (العناوين) و ( التلوين ).
أما من كان يستعمل إحدى هذه الطرق ( الإشارات ) في كتابه أحياناً فلم أذكره، لعدم اطّرادها لديه.