ويضم المعجم بعض العبارات المختلفة ذات الكلمات المتقاربة ( خاصة حروف الجر والنفي) مع بعضها، ككلمات إن وأن أو كلمات لا ولم ولن. وقد أوردت العبارات المحتوية على مثل هذه الكلمات المتقاربة مجتمعة في موضع واحد ليسهل دراستها مع بعض أو منفردة وفق ما يراه الباحث.
لقد تم تحديد جذور الكلمات بالرجوع الى بعض المصادر اللغوية مثل لسان العرب أو منهج المرحوم محمد فؤاد عبد الباقي في المعجم المفهرس لألفاظ القرآن الكريم وغيرهما ولكن ربما وقعت بعض الأخطاء في نسبة كلمة الى جذر معين أوغيره. وهو أمر وقع فيه بعض الخلاف بين اللغويين. كما أن بعض العبارات التي تبتدئ بحروف أو ضمائر وضعت تحت عناوين هي ليست جذورًا حقيقية مثل الهمزة للإستفهام أو (ءن ) أو ( لم ) أو حروف الجر مثل الباء أو عن وعلى وغيرها...
لقد تضمن المعجم التكرارأو التشابه بين آيتين إن كانت جذور الكلمات التي في الآيتين تتفق مع جذور عبارة في آية واحدة أو حتى مع جذور عبارة بين آيتين أخريتين. وقد استعملت (*) لتشير الى العلامة بين آيتين. ورغم أن العلاقة بين بعض عبارات الآيات مع بداية الآيات التي تليها لا تبدو ظاهرة للناظر لأول مرة، إلا أن إثبات ذلك قد يفيد بعض الباحثين.
وقد تم إثبات عدد مرات تكرار عبارة معينة بين قوسين، فمثلا (٣) تعني تكرارًا ثلاث مرات لعبارة بالنص نفسه ولكن يجوز أن يكون لها مشابه بتشكيل مختلف أو بكلمات تنتمي الى الجذر نفسه وتأتي كلها متعاقبة مع بعضها البعض، وعلى هذا فإن الغالبية العظمى من التراكيب جاء تكرارها مرة واحدة ولكنها تتفق مع ما قبلها أو ما بعدها بكون جذور كلماتها متطابقة.