ونظراً لتوافر عدد كبير من المكتبات الوقفية في مدينة المصطفى صلى الله عليه وسلم، وتظافر الجهود المباركة لجمعها في هذا المركز الإسلامي؛ فقد أدى ذلك إلى تحقيق جو البحث العلمي المتميز، مما ساعد على زيادة الاستفادة من المصادر الأصلية والمراجع النادرة وأمهات الكتب بهذه المكتبة في شتى فروع المعرفة الإنسانية، بغرض الدراسة والتحصيل العلمي مقارنة بين التراث الإسلامي والإنتاج الفكري المعاصر في ضوء القرآن الكريم والسنة النبوية خدمة للبحث العلمي وطلابه (١).
وتحتضن المكتبة أربعاً وعشرين مجموعة موقوفة تمثل: مكتبة المصحف الشريف، ومكتبة الشيخ/ عارف حكمت، ومكتبة المحمودية، ومكتبة المدينة المنورة، ومكتبات مدارس: الاحسانية، والساقزلي، والشفاء، والعرفانية، والقازانية، وكيلى ناظري، إضافة إلى مكتبات رباط الجبرت، ورباط عثمان بن عفان رضي الله عنه، ورباط قرة باش، ورباط بشير آغا، ومكتبات لبعض الشخصيات، أمثال: الشيخ/ محمد إبراهيم الختني، والشيخ/ عبد القادر شلبي، والسادة آل الصافي، والشيخ/ عمر حمدان، والشيخ/ محمد نور كتبي، ومعالي الأستاذ/ حسن بن محمد كتبي، والشيخ/ محمد الخضر الشنقيطي، والشيخ/ عبد الرحمن الخيال، والشيخ/ عبد القادر الجزائري، والشيخ/ عمار بن عبد الله الازعر الهلالي (٢).
(٢) المزيني / مكتبة الملك عبد العزيز، ص ٥٣.