ويقصد بالترتيب المصنف ذلك الترتيب الذي يصنف الموضوعات وفق تسلسل هرمي، بداية بالموضوع العام ونهاية بالموضوع المتخصص (الدقيق). وبينت الدراسة الحالية أن هذا النوع من الترتيب هو المحبذ في الكشافات الموضوعية لآيات القرآن الكريم، حيث بلغ عدد الكشافات الموضوعية المرتبة وفق نظام الترتيب المصنف ١٣ كشافا من أصل ١٤ كشافا موضوعيا، أي بنسبة تصل إلى ٩٢. ٨ %. ولعل هذا يدل أيضا على أن الذين قاموا بتكشيف آيات القرآن موضوعيا يفضلون هذا الترتيب على غيره من طرق الترتيب الأخرى. ويبرر البعض أن الترتيب المصنف للموضوعات يضمن لنا عدم تشتت الموضوعات ذات العلاقة في ثنايا الكشاف، والذي يحدث عندما نستخدم الترتيب الهجائي. وعند فحص عينة الكشافات الموضوعية المصنفة تبين لنا أن عملية تصنيف الموضوعات داخل كل قسم ليست بمستوى واحد، وترجع في الغالب إلى اجتهاد المكشف الذي قام بإعداد الكشاف.
وأما الكشاف الوحيد الذي اعتمد طريقة الترتيب الهجائي للموضوعات هو ‘المعجم المفهرس لمعاني القرآن العزيز‘ الذي أعده محمد بسام ورشدي الزين. وذكر المعدان (١٤١٧)، ص ٦٤١ ) أن ترتيب الموضوعات سواء الرئيسة أو الفرعية رتبت ترتيبا ألفبائيا، ولا ينظر إلى العلاقات المنطقية بين الأفكار، بل ينظر إلى الكلمة المفتاحية وأجزائها، وتصنف بحسب ترتيبها في الأحرف الهجائية العربية وفق نطقها ورسمها دون ردها إلى جذرها اللغوي. وهذا لا يعني أن ليس ثمة ترتيب هرمي. فالكشاف السابق على أنه رتب الموضوعات الرئيسة وفق أحرف الهجاء، إلا أنه في الرؤوس الفرعية (التفريع الوجهي) الخاصة بالموضوع الرئيس تدرج تحت الرأس العام وترتب وفق أحرف الهجاء. مثال ذلك رأس الموضوع: الآخرة، هناك عدد من التفريعات الوجهية لهذا الرأس كالتالي:
...... الآخرة
...... الآخرة: إثباتها
...... الآخرة: أحداثها
...... الآخرة: أسمائها